ZBR pārvaldi realizē Ziemeļvidzemes biosfēras rezervāta administrācija (ZBRa), kura ir valsts iestāde Latvijas Republikas Vides ministrijas pakļautībā. ZBRa ir vienpadsmit pastāvīgie darbinieki un divi projekta darbinieki. Administratīvais centrs atrodas Salacgrīvā (Rīgas ielā 10a, Salacgrīva, Limbažu r. LV-4033). Reģionālie biroji ir Rūjienā (Rīgas ielā 2, Rūjiena, Valmieras r. LV-4240) un Strenčos (Valkas ielā 16, Strenči, Valkas r. LV-4730).

 

Administrācijas darbības koordinēšanai un vietējo pašvaldību, kā arī citu interešu grupu iesaistīšanai ir izveidota ZBR konsultatīvā padome. Tās sastāvā ietilpst valsts iestāžu, pašvaldību un nevalstisko organizāciju pārstāvji.