Ņemot vērā teritorijas daudzveidību, unikalitāti, kultūrvēsturiskās vērtības un starptautiskās prasības, Ziemeļvidzemes biosfēras rezervātā noteiktas trīs funkcionālās zonas . Katrā no tām ir atšķirīgi apsaimniekošanas ierobežojumi.
Biosfēras rezervāta teritorijā ir arī citu kategoriju īpaši aizsargājamās dabas teritorijas . Tie ir - 28 dabas liegumi (ieskaitot trīs dabas liegumu zonas) un 1 dabas parks.
Funkcionālās zonas
Dabas liegumu zonas
Ainavu aizsardzības zonas
Neitrālās zonas
Visstingrākie vides aizsardzības noteikumi ir dabas liegumu zonās (apvidos ar cilvēka darbības mazpārveidotām dabiskajām ekosistēmām, kuru turpmāko aizsardzību nodrošina speciāli noteikumi).
Mērķis ir nodrošināt dabisku, cilvēka nepārveidotu vai mazpārveidotu dabas kompleksu pilnīgu aizsardzību, saglabājot tos kā raksturīgus dabiskās vides paraugus. Šajās zonās gandrīz pilnībā aizliegta saimnieciskā darbība (skatīt likuma "Par Ziemeļvidzemes biosfēras rezervātu" 15. pantu). Ziemeļvidzemes biosfēras rezervātā ir 3 dabas liegumu zonas, kas būtībā ir dabas liegumi ar lielu tritoriju.
Ziemeļu purvi (Natura 2000 teritorija)
Vidusburtnieks (Natura 2000 teritorija)
Augstroze (Natura 2000 teritorija)
Pielaidīgākas prasības ir ainavu aizsardzības zonās. Līdzās ainavu dabiskās struktūras un veidola saglabāšanas pasākumiem tajās atļauta arī saimnieciskā darbība. Taču nav paredzēta videi kaitīgu rūpniecības uzņēmumu izveide un attīstība. Šīs zonas kalpo arī kā dabas liegumu teritoriju aizsargjoslas (skatīt likuma "Par Ziemeļvidzemes biosfēras rezervātu" 15. pantu). Ziemeļvidzemes biosfēras rezervātā ir 12 ainavu aizsardzības zonas.
Vidzemes piekraste
Salaca
Pāle - Viļķene
Svētupe I
Svētupe II
Limbaži - Augstroze
Burtnieks
Vitrupe
Briede
Seda - Ērģeme
Seda
Rūja
Neitrālās zonas ir teritorijas ar tautsaimniecībā intensīvi izmantojamām platībām, apdzīvotām vietām, ceļu tīkliem. Visa saimnieciskā darbība un tās attīstība tajās notiek saskaņā ar vispārējo likumdošanu.
